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甲醛熏蒸灭菌器适用于微生物实验室和制药厂洁净区的消毒灭菌产品，其设计是以一种简单的方式来实现消毒灭菌。该仪器工作时，使甲醛气体充满待消毒的空间，经过一定时间后，杀灭暴露于空间表面的细菌和病毒。
甲醛熏蒸灭菌器适用于洁净生产车间，包装间，微生物实验室等对空间微生物数量要求比较严格场所。这些场所包括：制药企业，食品企业，检测检验企业等等。
考虑到甲醛熏蒸灭菌器器能够产生较为严重的副作用，近年来，各种替代甲醛熏蒸灭菌器的产品层出不穷，这其中的类型可以总结如下：
1、气态过氧化氢设备：该设备通过将过氧化氢气化，达到洁净区杀菌目的。其杀菌能力略逊于甲醛熏蒸灭菌器，但是，副作用小。缺点是成本昂贵。
2、臭氧发生器：该设备的杀菌能力远逊于甲醛熏蒸灭菌器，但危害性较小，且成本较低。该设备在国内有佷多企业生产，包括：汇威，银和等等
3、干雾化过氧化氢设备：该设备是目前欧洲主要国家采用和接纳的甲醛熏蒸灭菌器代替产品种类，通过不同的动力（电源，气源）将过氧化氢进行干雾化，从而达到快速灭菌的目的。该设备的优点是，作用时间短：3－4个小时，杀菌能力接近甲醛熏蒸灭菌器，基本没有副作用。缺点是由于较为先进，市场品牌良莠不齐，国产设备基本没有。进口品牌较多，其中包括法国的欧菲姆和比利时的诺福。
通常，甲醛熏蒸灭菌器被安装于通风系统的换风区。需要进行甲醛熏蒸时，将需要量的40%甲醛倒入加热装置内，打开送回风系统，关闭系统新风和排风，让气体扩散30分钟后，停止送回风系统。甲醛熏蒸消毒12小时后，25%氨水加入组合风柜中效箱内，打开送回风系统循环6小时，再打开新风及排风循环4小时，至洁净风将蒸汽置换干净。
