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根系分析仪按成像方式不同，可分为对原位根系图像的分析仪，以及对洗根后的根系图像分析仪。一般都要求可分析根系的长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、根交叉数等。些的根系分析系统，还可分析植物根系的主侧根拓扑形态关系、连接关系，以及根尖部位的色彩变化，以便进行根系形态和构造研究。的根系分析系统应具备大批量图像的全自动分析特性，用户可对自动分析结果进行局部的交互编辑修正，以确保数据的科学性。
对原位根系图像，因根系与土壤的颜色可能非常接近，故国内外均采用图像中根系目标的自动增强后，以交互引导的方式进行标记分析的。
另外，还有引入分形维数，以及直方图投影来进行根系整体生物量分析的。根系分析的技术还可分析根瘤菌体积在根系中的占比，以客观确定根瘤菌体的贡献量。
最最普通的根系分析系统，通常包含以下基本参数：
1、人工辅助修正：图像可放大缩小和局部观察。
2、统计效果监视：监视和修正植物对象分析的精度。
3、自动杂质剔除：根据尺寸等方面的区别，进行自动杂质剔除。
4、辅助测量功能：
尺寸标定：自带标定功能，实现半自动的尺寸标定，XY向可分别标定修正；
长度测量：具有跟随放大镜功能，通过鼠标拖动精确测量；
5、数据导出：
分析图像、分布图、结果数据可保存，分析结果输出至Excel表，可输出分析标记图；
以平板扫描仪进行根系和叶片等扫描分析，分析根系长度与直径的关系、根尖记数。
1）根总长；
2）根平均直径；
3）根总面积；
4）根总体积；
5）根尖计数；
6）分叉数；
7）交叉数；
8）根直径等级分布参数；
9）可不等间距地自定义分段直径，自动测量各直径段长度、投影面积、表面积、体积等，及其分布参数；
10）根尖段长分布。
