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包括单聚焦型和双聚焦型。经加速后的离子束在磁场作用下飞行轨道发生不同程度的弯曲而分离。双聚焦质谱仪的分辨率可达150000；
飞行时间分析器
飞行时间分析器被加速的离子按不同的的时间经漂移管到达收集极上而分离；
四极滤质器
可以快速地进行全扫描，适合与相色谱仪联用；
离子阱和离子迦旋共振分析器
前者结构简单，易于操作，已用于与气相色谱仪联用，分析m/z为200-2000的分子；后者用于傅里叶变换质谱仪上，扫描速率快，分辨率高，能获得较大相对分子质量的信号。
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